В каких разделах создавать темы для курсов? 

Темы для курсов, в принципе, можно создавать в любом разделе, и они автоматически будут попадать под "юрисдикцию" раздела, в котором находятся.
То есть при необходимости редактировать эти темы смогут редактор и помощники редактора раздела, в котором создана тема. Когда это хорошо - то именно так и надо поступать.
Если же создаваемая для курса тема не подходит ни к какому из существующих разделов форума, то для этой цели специально создан отдельный раздел "Курсы форума".
Этот раздел отличается от других: создавать темы в нём могут только ведущие каких-либо курсов. Если участник не является ведущим какого-нибудь курса, то создать тему в этом разделе он не сможет.